AIPJ bekerja sama dengan lembaga hukum dan keadilan tingkat nasional di Indonesia dan Australia.
National Development Planning Agency
The Supreme Court
The Judicial Commission
The Corruption Eradication Commission
Lembaga Kajian dan Advokasi untuk Independensi Peradilan (LeIP)
Pusat Studi Hukum dan Kebijakan (PSHK)
Lembaga Bantuan Hukum Jakarta (LBH Jakarta)
Yayasan Lembaga Bantuan Hukum APIK Jakarta (YLBH APIK Jakarta)
Masyarakat Pemantau Peradilan Indonesia FH-UI (MaPPI FH UI)
Indonesia Corruption Watch (ICW)
Sentra Advokasi Perempuan, Difabel dan Anak (SAPDA)
Sasana Integrasi dan Advokasi Difabel (SIGAB)
DFAT
The Federal Court of Australia
Family Court of Australia
Judicial Commission of New South Wales
The Asia Foundation
Pembaruan Peradilan
Provincial Government of Aceh
Provincial Government of NTB
Provincial Government of South Sulawesi
AIPJ bekerja sama dengan lembaga hukum dan keadilan tingkat nasional di Indonesia dan Australia.
Mahkamah Agung Republik Indonesia
DFAT
Kejaksaan Agung Republik Indonesia
Kementrian Hukum dan HAM (Badan Pembinaan Hukum Nasional, BPHN)
Kementerian Dalam Negeri RI, Direktorat Jenderal Kependudukan dan Catatan Sipil
Kementrian Agama RI, Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Islam
Badan Perencanaan Pembangunan Nasional Republik Indonesia
Komisi Yudisial Republik Indonesia
Komisi Pemberantasan Korupsi
Komisi Kejaksaan
Pemberdayaan Perempuan Kepala Keluarga (PEKKA)
Pusat Kajian Perlindungan Anak UI
Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI)
Mitra Netra
The Federal Court of Australia
The Family Court of Australia
The Attorney General's Department of Australia (AGD)
Australia Human Rights Commission
Australian Commission for Law Enforcement Integrity (ACLEI)
Judicial Commission of New South Wales
The Asia Foundation
Mitra Masyarakat Sipil, yang dikelola oleh The Asia Foundation
Indonesia Corruption Watch (ICW)
Lembaga Kajian dan Advokasi untuk Independensi Peradilan (LeIP)
Yayasan Lembaga Bantuan Hukum APIK Jakarta (YLBH APIK Jakarta)
Lembaga Bantuan Hukum Jakarta (LBH Jakarta)
Masyarakat Pemantau Peradilan Indonesia FH-UI (MaPPI FH UI)
Pusat Studi Hukum dan Kebijakan (PSHK)
Sentra Advokasi Perempuan, Difabel dan Anak (SAPDA)
Sasana Integrasi dan Advokasi Difabel (SIGAB)
Lembaga Bantuan Hukum APIK Makassar (LBH APIK Makassar)
Lembaga Bantuan Hukum Makassar (LBH Makassar)
Lembaga Perlindungan Anak Nusa Tenggara Barat (LPA NTB)
Lembaga Pemantau Independen - Pengadaan Barang dan Jasa Kota Makassar (LPI-PBJ Makassar)
Perhimpunan Bantuan Hukum Nusa Tenggara (PBH-NUSRA)
Solidaritas Masyarakat untuk Transparansi NTB (SOMASI)
Yayasan Wali Ati (YASALTI)
Yayasan Sanggar Suara Perempuan Soe NTT (YSSP)
AIPJ juga bekerja dengan tim asistensi reformasi berikut:

Lembaga Kajian & Advokasi untuk Independensi Peradilan (LeIP adalah organisasi non pemerintah yang bergerak di bidang pembaruan peradilan dan anti korupsi. Semenjak berdirinya di tahun 2000, LeIP telah melakukan berbagai upaya melalui advokasi kebijakan berbasis riset guna mendorong pembaruan sistem peradilan. LeIP juga aktif dalam merumuskan konsep-konsep pembaruan peradilan yang dapat dijadikan arahan strategis untuk memperjuangkan peradilan Indonesia yang dicita-citakan di masa depan. LeIP terlibat aktif dalam penyusunan Cetak Biru Mahkamah Agung (2003) dan Kertas Kerja Pembaruan Peradilan (2005) dan LeIP hingga kini terus terlibat aktif mengawal pelaksanaan rekomendasi cetak biru di berbagai sektor. LeIP meyakini bahwa peradilan yang independen, akuntabel, mudah diakses, kompeten dan berintegritas hanya dapat dicapai bila masyarakat memiliki pemahaman pentingnya pembaruan peradilan dan bersama-sama berusaha mendorong pembaruan peradilan.