Kerja AIPJ dengan lembaga-lembaga peradilan berfokus pada dua sasaran utama:

1. Keputusan yang konsisten, cepat dan transparan
AIPJ membantu Komisi Yudisial dan Mahkamah Agung untuk memutuskan dengan lebih konsisten, mengembangkan sistem monitoring peradilan dan mendukung pengunggahan putusan peradilan ke website MA. Reformasi kelembagaan dilakukan melalui perbaikan manajemen alur kasus dan restrukturisasi organisasi. 
2. Pengadilan dan proses peradilan yang mudah diakses
Kegiatan kami mencakup peningkatan pengakses Resolusi Sengketa Alternatif, membantu pengadilan meningkatkan standar layanan publik dan mengembangkan cara baru untuk mengelola gugatan kecil dan kasus lalu lintas. Kegiatan ini didukung oleh mitra masyarakat sipil dan hubungan kuat antara Pengadilan Indonesia dan Australia serta antara Komisi Yudisial Indonesia dan New South Wales.