AIPJ bekerja sama dengan lembaga hukum dan keadilan tingkat nasional di Indonesia dan Australia.
- National Development Planning Agency
- The Supreme Court
- The Judicial Commission
- The Corruption Eradication Commission
- Lembaga Kajian dan Advokasi untuk Independensi Peradilan (LeIP)
- Pusat Studi Hukum dan Kebijakan (PSHK)
- Lembaga Bantuan Hukum Jakarta (LBH Jakarta)
- Yayasan Lembaga Bantuan Hukum APIK Jakarta (YLBH APIK Jakarta)
- Masyarakat Pemantau Peradilan Indonesia FH-UI (MaPPI FH UI)
- Indonesia Corruption Watch (ICW)
- Sentra Advokasi Perempuan, Difabel dan Anak (SAPDA)
- Sasana Integrasi dan Advokasi Difabel (SIGAB)
- DFAT
- The Federal Court of Australia
- Family Court of Australia
- Judicial Commission of New South Wales
- The Asia Foundation
- Pembaruan Peradilan
- Provincial Government of Aceh
- Provincial Government of NTB
- Provincial Government of South Sulawesi
AIPJ bekerja sama dengan lembaga hukum dan keadilan tingkat nasional di Indonesia dan Australia.
- Mahkamah Agung Republik Indonesia
- DFAT
- Kejaksaan Agung Republik Indonesia
- Kementrian Hukum dan HAM (Badan Pembinaan Hukum Nasional, BPHN)
- Kementerian Dalam Negeri RI, Direktorat Jenderal Kependudukan dan Catatan Sipil
- Kementrian Agama RI, Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Islam
- Badan Perencanaan Pembangunan Nasional Republik Indonesia
- Komisi Yudisial Republik Indonesia
- Komisi Pemberantasan Korupsi
- Komisi Kejaksaan
- Pemberdayaan Perempuan Kepala Keluarga (PEKKA)
- Pusat Kajian Perlindungan Anak UI
- Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI)
- Mitra Netra
- The Federal Court of Australia
- The Family Court of Australia
- The Attorney General's Department of Australia (AGD)
- Australia Human Rights Commission
- Australian Commission for Law Enforcement Integrity (ACLEI)
- Judicial Commission of New South Wales
- The Asia Foundation
Mitra Masyarakat Sipil, yang dikelola oleh The Asia Foundation
- Indonesia Corruption Watch (ICW)
- Lembaga Kajian dan Advokasi untuk Independensi Peradilan (LeIP)
- Yayasan Lembaga Bantuan Hukum APIK Jakarta (YLBH APIK Jakarta)
- Lembaga Bantuan Hukum Jakarta (LBH Jakarta)
- Masyarakat Pemantau Peradilan Indonesia FH-UI (MaPPI FH UI)
- Pusat Studi Hukum dan Kebijakan (PSHK)
- Sentra Advokasi Perempuan, Difabel dan Anak (SAPDA)
- Sasana Integrasi dan Advokasi Difabel (SIGAB)
- Lembaga Bantuan Hukum APIK Makassar (LBH APIK Makassar)
- Lembaga Bantuan Hukum Makassar (LBH Makassar)
- Lembaga Perlindungan Anak Nusa Tenggara Barat (LPA NTB)
- Lembaga Pemantau Independen - Pengadaan Barang dan Jasa Kota Makassar (LPI-PBJ Makassar)
- Perhimpunan Bantuan Hukum Nusa Tenggara (PBH-NUSRA)
- Solidaritas Masyarakat untuk Transparansi NTB (SOMASI)
- Yayasan Wali Ati (YASALTI)
- Yayasan Sanggar Suara Perempuan Soe NTT (YSSP)
AIPJ juga bekerja dengan tim asistensi reformasi berikut:
Perhimpunan Bantuan Hukum Nusa Tenggara (PBH-NUSRA) merupakan sebuah perkumpulan yang beranggotakan Komunitas Adat, NGO dan Individu-individu untuk menyikapi dan menjawabi segala persoalan baik struktural maupun horizontal dari perspektif hukum. Lembaga ini didirikan pada tanggal, 5 Juni 1997 dan semenjak berdiriannya, lembaga ini mengemban misi gerakan bersama grasroot (masyarakat akar rumput) di wilayah Nusa Tenggara Timur dalam bidang Pengelolaan Sumber Daya Alam (PSDA), Penyadaran Hak Asasi Manusia (HAM), Pendidikan Hukum Kritis, Demokratisasi yang kesemuannya tidak meninggalkan perspektif gender di wilayah Nusa Tenggara demi transformasi sosial.
Pada Kongres I PBH-NUSRA di Watu Baler, 5-7 April 2005 telah terdaftar 55 anggota yakni; 20 komunitas Adat, 17 NGO dan 18 individu. Keanggotaan ini tersebar di Pulau Flores, Timor, Sumba, Adonara dan Lembata. Pada kongres itu juga telah disepakati bahwa perlu ada perubahan status dari Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Nusa Tenggara (YLBH-NUSRA) menjadi perhimpunan. Sehingga pada awalnya dikenal LBH-NUSRA berubah menjadi Perhimpunan Bantuan Hukum Nusa Tenggara (PBH-NUSRA).
Visi PBH Nusra adalah “Terciptanya masyarakat sipil Nusa Tenggara yang berdaulat atas diri dan kekayaan alamnya." Misi adalah mendukung pengembangan pengorganisasian rakyat untuk melakukan perubahan sosial yang lebih adil; memberikan bantuan hukum di Pengadilan dan di luar pengadilan; menjalankan proses-proses pendidikan dalam rangka transformasi sosial; melakukan kajian-kajian dan analisa kritis terhadap berbagai kebijakan pada berbagai aras dan tingkatan (lokal, nasional dan internasional) dan atas dasar tersebut melakukan advokasi perubahan sosial; dan melakukan koordinasi dalam organisasi PBH dalam rangka kerja sama dengan pelbagai pihak di luar PBH dalam rangka menciptakan sinergi sebagai sesuatu gerakan sosial yang kuat.