AIPJ bekerja sama dengan lembaga hukum dan keadilan tingkat nasional di Indonesia dan Australia.
National Development Planning Agency
The Supreme Court
The Judicial Commission
The Corruption Eradication Commission
Lembaga Kajian dan Advokasi untuk Independensi Peradilan (LeIP)
Pusat Studi Hukum dan Kebijakan (PSHK)
Lembaga Bantuan Hukum Jakarta (LBH Jakarta)
Yayasan Lembaga Bantuan Hukum APIK Jakarta (YLBH APIK Jakarta)
Masyarakat Pemantau Peradilan Indonesia FH-UI (MaPPI FH UI)
Indonesia Corruption Watch (ICW)
Sentra Advokasi Perempuan, Difabel dan Anak (SAPDA)
Sasana Integrasi dan Advokasi Difabel (SIGAB)
DFAT
The Federal Court of Australia
Family Court of Australia
Judicial Commission of New South Wales
The Asia Foundation
Pembaruan Peradilan
Provincial Government of Aceh
Provincial Government of NTB
Provincial Government of South Sulawesi
AIPJ bekerja sama dengan lembaga hukum dan keadilan tingkat nasional di Indonesia dan Australia.
Mahkamah Agung Republik Indonesia
DFAT
Kejaksaan Agung Republik Indonesia
Kementrian Hukum dan HAM (Badan Pembinaan Hukum Nasional, BPHN)
Kementerian Dalam Negeri RI, Direktorat Jenderal Kependudukan dan Catatan Sipil
Kementrian Agama RI, Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Islam
Badan Perencanaan Pembangunan Nasional Republik Indonesia
Komisi Yudisial Republik Indonesia
Komisi Pemberantasan Korupsi
Komisi Kejaksaan
Pemberdayaan Perempuan Kepala Keluarga (PEKKA)
Pusat Kajian Perlindungan Anak UI
Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI)
Mitra Netra
The Federal Court of Australia
The Family Court of Australia
The Attorney General's Department of Australia (AGD)
Australia Human Rights Commission
Australian Commission for Law Enforcement Integrity (ACLEI)
Judicial Commission of New South Wales
The Asia Foundation
Mitra Masyarakat Sipil, yang dikelola oleh The Asia Foundation
Indonesia Corruption Watch (ICW)
Lembaga Kajian dan Advokasi untuk Independensi Peradilan (LeIP)
Yayasan Lembaga Bantuan Hukum APIK Jakarta (YLBH APIK Jakarta)
Lembaga Bantuan Hukum Jakarta (LBH Jakarta)
Masyarakat Pemantau Peradilan Indonesia FH-UI (MaPPI FH UI)
Pusat Studi Hukum dan Kebijakan (PSHK)
Sentra Advokasi Perempuan, Difabel dan Anak (SAPDA)
Sasana Integrasi dan Advokasi Difabel (SIGAB)
Lembaga Bantuan Hukum APIK Makassar (LBH APIK Makassar)
Lembaga Bantuan Hukum Makassar (LBH Makassar)
Lembaga Perlindungan Anak Nusa Tenggara Barat (LPA NTB)
Lembaga Pemantau Independen - Pengadaan Barang dan Jasa Kota Makassar (LPI-PBJ Makassar)
Perhimpunan Bantuan Hukum Nusa Tenggara (PBH-NUSRA)
Solidaritas Masyarakat untuk Transparansi NTB (SOMASI)
Yayasan Wali Ati (YASALTI)
Yayasan Sanggar Suara Perempuan Soe NTT (YSSP)
AIPJ juga bekerja dengan tim asistensi reformasi berikut:

Lembaga Pemantau Independen Pengadaan Barang/Jasa (LPI PBJ) Kota Makassar didirikan pada Juli 2010 oleh Walikota Makassar sebagai lembaga pemanatau independen pengadaan barang/ jasa pemerintah kota Makassar. Berangkat dari kondisi tata kelola pemerintahan di Indonesia yang kurang memadai, di mana korupsi sebagai tindakan yang sangat mengebiri hak-hak publik menjadi permasalahan pokok dalam proses pelayanan publik, LPI PBJ didirikan diharapkan dapat memberikan konstribusi pada terciptanya proses pengadaan yang sehat, berkualitas dan berkeadilan. Inisiatif untuk mengadakan pemanatauan independen berasal dari kelompok masyarakat sipil di kota Makassar yang difasilitasi oleh Transparency International (TI) Indonesia, bekerjasama dengan pemerintah kota Makassar untuk mendorong sebuah upaya pencegahan korupsi khususnya disektor belanjan pengadaan (APBD). Prinsipnya LPI PBJ kota Makassar dibentuk untuk memperkuat upaya pencegahan korupsi penyimpangan sector PBJ dan mendorong pengauatan partisipasi masyarakat dalam pengawasan proses pengadaan.
Tujuan LPI PBJ adalah (1) memastikan penyelenggaraan pengadaan Barang/Jasa secara transparan, berkeadilan, dan partisipatif; (2) menjamin partisipasi aktif masyarakat dalam melakukan pengawasan proses pengadaan Barang/Jasa; dan (3) menjamin mutu/kualitas Barang/Jasa Pemerintah. Maka dari itu, LPI PBJ akan melakukan pemantauan, investigasi, dan menerima informasi pengaduan, termasuk melakukan konfirmasi/klarifikasi pada pihak-pihak yang terkait dan memberikan rekomendasi atas laporan penyimpangan dan atau pelanggaran dalam proses pengadaan Barang/Jasa. LPI PBJ juga melakukan usaha-usaha untuk meningkatkan kesadaran dan kapasitas bagi masyarakat serta melakukan publikasi secara berkala kepada masyarakat atas kegiatan yang telah dilakukan oleh Lembaga Pemantau Independen.